عام 1981، أسست شعبوني خدمة الاستشارة الوراثية الأولى، ثم شرعت في دراسات الوبائية عن قرابة العصب في شمال تونس المنطقة التي يرتفع فيها معدل الأمراض الوراثية، العيوب الخلقية ووفيات المواليد. أظهرت دراساتها في هذه المنطقة، أن ربع الزيجات بين أبناء العمومة من الدرجة الأولى والذين من أبوين على علاقة قرابة أيضاً.
أصبحت شعبوني مستشار في منظمة الصحة العالمية واتحاد الأطباء العرب. اشتركت شعبوني في العديد من المبادرات الدولية المتعلقة بالأمراض الوراثية. وهي أيضاً تعمل لتعزيز الإعلان العالمي حول الجينوم البشري وحقوق الإنسان التابعة لليونسكو. وهي عضو في الجمعية الأمريكية للمورثات البشرية، والجمعية الأوروپية لعلم الوراثة الخلوي.
كرَّست حبيبة بوحمد شعبوني مسيرتها المهنية كطبيبة وباحثة في سبيل مساعدة العائلات والأطفال الذين يُعانون من أمراض وراثية، حيث أسّست شعبوني أول قسم مختص بعلم الوراثة داخل المستشفيات في تونس، كما أسّست مختبر بحوث علم الوراثة البشري في كلية الطب في جامعة تونس، وتولّت مهمّة الإشراف عليه، وحصلت كذلك على العديد من الشهادات العليا في الماجستير والدكتوراة، فضلاً عن مؤلفاتها العلمية والأبحاث المنشورة في الكتب والتي تزيد عن 150 مؤلفاً.
